با عنایت به اینکه یکی از اهداف نظام آموزش پزشکی وارد کردن پزشکی مبتنی بر شواهد در کوریکولوم آموزش پزشکی عمومی و سایر رشته های علوم پزشکی است، مرکز پزشکی مبتنی بر شواهد ایران بر آن شد تا دپارتمانی برای سازماندهی و هدایت فعالیتها و نظرات دانشجویان ایجاد کند. در این راستا این مرکز با جذب دانشجویان مستعد و علاقه مند، سعی در آموزش و تربیت علمی آنها دارد تا در آینده در راستای اهداف طبابت مبتنی بر شواهد به فعالیتهای بالینی و پژوهشی خود ادامه دهند.
این دپارتمان در سال 1386 با همت سرکارخانم دکتر ناهید الفتی و همکاری دانشجویان آن دوره تأسیس شد. و سپس به شبکه EBM دانشجویی کشور ملحق گردید. در حال حاضر این بخش با فعالیت و همیاری دانشجویان جدیدالورود و با دیدگاه های نوین مجدداً وارد فعالیت گردیده است.